Det foregår noe i skogen ved Skutebukta. Under de nederste greinene på et grantre i skogen finner Cecilie, Leo, Une og hunden Egon en gammel, mystisk trekasse. Før de får mulighet til å åpne den, kommer det noen svartkledde menn og henter den med seg rett foran nesen deres. Den første ledetråden - det første cluet - for å finne ut hvem mennene er og hva som er i kassa, er ordet Riverton, som står skrevet på kasselokket. Et kraftig snøfall gjør det vanskelig for Cecilia, Leo, Une og Egon å følge sporene, og samtidig med at vinteren kommer til Skutebukta, sjekker også en rekke mystiske gjester inn på Perlen pensjonat.
Clue er engelsk og betyr ledetråd, spor for å løse en gåte. I tillegg er CLUE satt sammen av forbokstavene til hovedpersonene i serien: Cecilia, Leo, Une og hunden Egon.